Le virus influenza de sous-type H3N8 touche les voies respiratoires supérieures de équidés. Malgré l’efficacité et l’excellente couverture vaccinale, la France a connu deux épisodes de grippe équine en 2018. Elles étaient associées à l'introduction d’une souche américaine virulente qui différait antigéniquement des souches vaccinales utilisées. Elle n’est pas mortelle chez l’adulte sain mais elle impose une longue convalescence. L’objectif est de mieux comprendre les spécificités de la souche virale isolée A/équine/Paris/1/2018 et en identifier les déterminants de virulence, pour faciliter le suivi des épidémies futures. Ce projet est défini par 3 objectifs : 1 / Détermination de la séquence génomique complète des souches A/équine/Paris/1/2018 et A/ équine/Belfond/6-2/2009, ainsi que les deux souches vaccinales A/équine/Richmond/1/2007 et A/équine/Afrique du Sud/4 /2003 en utilisant la technologie de séquençage de Oxford Nanopore Technologies pour comparer avec la souche historique A/équine/Uruguay/1963, 2/ Identifier sur ces virus leurs déterminants de virulence; 3/ Générer le virus recombinant A/équine/Paris/1/2018 par génétique inverse pour caractérisation sur l’espèce cible. Les souches séquencées montrent des taux d’identité des séquences en acide aminés de HA et de NA supérieurs à 97% et 95% entre elles, mais de seulement 90% et 88% avec la souche A/eq/Uruguay/1963. Les sous-unités du complexe ARN-polymérase PA, PB1 et PB2 ainsi que celle de la NP de ces quatre virus ont au moins 98% d’identité entre elles. Ce taux tombe à 95% entre la PA de A/équine/Uruguay/1963 et des virus d’intérêt. Alors que NS1 de la souche A/équine/Uruguay/1963 a une longueur typique de 230 acides aminés, les virus étudiés ont une NS1 tronquée des 11 acides aminés C-terminaux. Le facteur de virulence PB1-F2 possède la plus grande variabilité de séquence entre ces souches, la souche A/eq/Paris/1/2018 ayant une PB1-F2 de 90 acides aminés, alors que celui des autres souches est délétée de ses 9 acides aminés C-terminaux.