Comité d’éthique : L’étude a été approuvée par le Comité d’Éthique en Recherche Clinique et Épidémiologique Vétérinaire d’Oniris (CERVO-2020-3-V). Un consentement éclairé a également été signé par chaque propriétaire. Sources de financement : L’étude est financée par l’Institut Français du Cheval et de l’Équitation (IFCE), les Fonds l’Eperon, le laboratoire LABEO et CISCO-Oniris. Conflit d’intérêt : Les auteurs ne déclarent aucun conflit d’intérêt. Contexte : L’interprétation clinique de la présence d’éléments fongiques dans les voies respiratoires est incertaine, et les méthodes diagnostiques mycologiques actuelles sont fastidieuses. Objectifs : L’objectif de cette étude est de caractériser la détection d’éléments fongiques dans les voies respiratoires du cheval, avec l’hypothèse qu’une cytologie sur le mélange (LBAM) des lavages broncho-alvéolaires gauche (LBAG) et droit (LBAD) est représentative des LBA examinés individuellement. Matériel et méthodes : Trente Trotteurs Français à l’entrainement et 32 chevaux référés pour troubles respiratoires ont été inclus. Un lavage trachéal (LT) et un lavage broncho-alvéolaire de chaque poumon ont été réalisés à l’aide de cathéters stériles par voie endoscopique, pour recherche d’éléments fongiques par cytologie et culture. Une culture était considérée « positive » dès lors qu’au moins une colonie était observée (puis identifiée), et une cytologie était « positive » dès lors qu’au moins un élément fongique (hyphe, spore) était observé. Résultats : Une culture fongique a été obtenue sur 51/62 (82%) LT and 13/62 (21%) LBA. Tous les chevaux avec un LBA « positif » étaient également « positifs » en culture sur LT. Des éléments fongiques ont été identifiés par cytologie sur 43/62 (69%) LT et respectivement 16/62 (26%) LBAD, 15/62 (24%) LBAG, et 14/62 (23%) LBAM. Neuf chevaux présentaient des éléments fongiques simultanément sur le LBAG et LBAD, tandis que 12 chevaux présentaient des éléments fongiques d’un seul côté seulement (6 LBAG et 6 LBAD [κ = 0.472]). Quatre LBAM étaient « positifs » à la fois en cytologie et culture, tandis que 9 et 10 LBAM étaient respectivement « positifs » seulement en culture ou en cytologie [κ = 0.10]). Les 14 chevaux « positifs » en cytologie sur le LBAM étaient également « positifs » sur le LBAG et/ou LBAD, tandis que 7 chevaux étaient « négatifs » sur le LBAM mais « positifs » sur le LBAG et/ou LBAD. L’identification d’éléments fongiques en cytologie sur LBAM ou LBAG+LBAD est non équivalente (p = 0.023; Se = 0.67, Sp = 1.00). Discussion et conclusion : Pour la détection d’éléments fongiques, le mélange de LBA issus des poumons droit et gauche est une alternative hautement spécifique et modérément sensible, comparativement à la réalisation combinée d’une cytologie individuelle sur les prélèvements de chaque poumon.