Dans l’Europe médiévale, la lèpre était une affection largement répandue. Cependant, des preuves moléculaires indiquent l’existence de différents génotypes du Mycobacterium leprae selon les lieux de découverte et les époques. M. leprae nécessite l’hébergement par un être vivant et diverses lignées sont associées à différentes populations humaines. Des données sont disponibles pour le Royaume-Uni, la Scandinavie, l’Europe centrale, du Sud et de l’Est, mais peu sont accessibles pour caractériser moléculairement la lèpre dans le Nord de la France. La paléopathologie de la lèpre est caractéristique et permet la reconnaissance de la maladie sur des cas établis. Des échantillons osseux montrant des signes de lèpre ont été prélevés à partir de divers sites : Lisieux (IVe – VIIe s.), Vendeuil-Caply (Ve-VIe s.), Neuville-sur-Escaut (début à milieu VIe s.) et la léproserie de Saint Thomas d’Aizier (fin XIIe-début XVIe s.). Quand cela était possible, des échantillons ont été prélevés sur différentes parties des squelettes incluant des esquilles de fosses nasales, les côtes et doigts de pied. Les échantillons de 25 à 50 mg ont été décalcifiés dans un mélange d’EDTA/protéinase K à 56°C sous agitation, puis divisés en 2 volumes égaux. Un volume a été traité avec 0.1M PTB pour casser les possibles réticulations covalentes, puis les deux volumes ont été mis à incuber dans un tampon de lyse à base de thiocyanate de guanidine pour dégrader les protéines. Pour achever la dégradation, les échantillons ont été congelés dans de l’azote liquide, puis décongelés trois fois. L’ADN a été capturé sur de la silice ou précipité dans le surnageant. Les préparations finales ont été conservées à -20°C jusqu’à utilisation. L’amplification en chaine par polymérase (PCR) en temps réel a été utilisée, avec des amorces et sondes pour les séquences répétitives pour le Mycobacterium leprae RLEP (36 copies/cellule) et RepLep (15 copies/cellule). Seuls les individus de la léproserie de Saint-Thomas d’Aizier se sont révélés positifs pour le M. leprae. Cela peut être dû à la période plus tardive d’inhumation ou à l’abandon du site après le XVIe s. et donc à l’absence de perturbations postérieures. Parmi les inhumés testés, dix individus étaient fortement positifs à l’ADN de M. leprae, un autre plus faiblement, et un était négatif. Huit des dix échantillons positifs venant de la léproserie de Saint-Thomas d’Aizier ont été génotypés. Les résultats des analyses menés montrent que M. leprae du Nord-Ouest de l'Europe est principalement du génotype 3I ou 2F, avec des exemples d'un sous-type intermédiaire et des similitudes à chacun de ces derniers (génotype 3I-1). Pour l'Europe centrale et orientale M. Leprae correspond aux génotypes 3K et 3M. En raison de l'association clonale de M. leprae avec son hôte humain, les résultats obtenus suggèrent qu'il existait plus d'une source d’origine de M. leprae et il est probable que la lèpre ait été introduite par les mouvements de migrations de différentes populations humaines.