Biomedical image analysis competitions: The state of current participation practice
2 ITU - IT University of Copenhagen
3 MU / MUNI - Masaryk University [Brno] = Masarykova univerzita [Brno] = Université Masaryk [Brno]
4 IBME - Institute of Biomedical Engineering [Oxford]
5 IIIT-Delhi - Indraprastha Institute of Information Technology [New Delhi]
6 Center for Applied Cybernetics [Prague]
7 BioMedIA - University of Oxford Biomedical Image AnalysisLaboratory
8 CIMA - Center for Applied Medical Research [Plamplona]
9 UTHealth - The University of Texas Health Science Center at Houston
10 LITIS - App - Equipe Apprentissage
11 Biomedical Imaging Group [Lausanne]
12 BC - Boston College
13 ICube - Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie
14 HES-SO - Haute École spécialisée de Suisse occidentale = HES-SO University of Applied Sciences and Arts Western Switzerland = Fachhochschule Westschweiz [Schweiz]
15 CBICA - Center for Biomedical Image Computing & Analytics [Philadelphia]
16 Indiana University School of Medicine
17 University of Washington [Seattle]
18 UCL - University College London [UCL]
19 Oxford Brookes University
20 UAB - Universitat Autònoma de Barcelona = Autonomous University of Barcelona = Universidad Autónoma de Barcelona
21 NCT - National Center for Tumor Diseases [Dresden]
22 Fondazione Politecnico di Milano
23 Seoul National University Hospital
24 EMPENN - Neuroimagerie: méthodes et applications
25 Heidelberg University Hospital [Heidelberg]
26 King‘s College London
27 Fachbereich Mathematik und Informatik [Marburg] [Dept. of Math and Computer Science]
28 Computed Tomography Siemens Healthcare
29 Department of Imaging and Visualization [Siemens Corporate Research]
30 KUH - Copenhagen University Hospital [Denmark] = Københavns Universitetshospital [Danmark]
31 CIBM - Center for Biomedical Imaging [Lausanne, Geneva]
32 CHUV - Centre Hospitalier Universitaire Vaudois = Lausanne University Hospital [Lausanne]
33 EPFL - Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne
34 Universität zu Lübeck = University of Luebeck [Lübeck]
35 UMN - University of Minnesota [Twin Cities]
36 RadboudUMC - Radboud University Medical Center [Nijmegen]
37 LTSI - Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image
38 Vanderbilt University [Nashville]
39 UZH - Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich
40 AöR - University Hospital Essen
41 NJUST - Nanjing University of Science and Technology
42 University of Toronto
43 UB - Universitat de Barcelona
44 UNISTRA - Université de Strasbourg
45 University of Pennsylvania [Philadelphia]
46 UCL East - University College London East
47 Erasmus University Rotterdam
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Résumé
The number of international benchmarking competitions is steadily increasing in various fields of machine learning (ML) research and practice. So far, however, little is known about the common practice as well as bottlenecks faced by the community in tackling the research questions posed. To shed light on the status quo of algorithm development in the specific field of biomedical imaging analysis, we designed an international survey that was issued to all participants of challenges conducted in conjunction with the IEEE ISBI 2021 and MICCAI 2021 conferences (80 competitions in total). The survey covered participants' expertise and working environments, their chosen strategies, as well as algorithm characteristics. A median of 72% challenge participants took part in the survey. According to our results, knowledge exchange was the primary incentive (70%) for participation, while the reception of prize money played only a minor role (16%). While a median of 80 working hours was spent on method development, a large portion of participants stated that they did not have enough time for method development (32%). 25% perceived the infrastructure to be a bottleneck. Overall, 94% of all solutions were deep learning-based. Of these, 84% were based on standard architectures. 43% of the respondents reported that the data samples (e.g., images) were too large to be processed at once. This was most commonly addressed by patch-based training (69%), downsampling (37%), and solving 3D analysis tasks as a series of 2D tasks. K-fold cross-validation on the training set was performed by only 37% of the participants and only 50% of the participants performed ensembling based on multiple identical models (61%) or heterogeneous models (39%). 48% of the respondents applied postprocessing steps.
Domaines
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
|---|---|
| Licence |
