Mise au point d’une méthode culturale de suivi des communautés microbiennes naturelles du lait cru par approche culturomique
Résumé
Introduction. La qualité microbiologique du lait est cruciale pour la fabrication fromagère au lait cru en raison des multiples bénéfices apportées par l’activité et les interactions des microorganismes présents. Les communautés microbiennes du lait, riches et complexes, proviennent essentiellement de l’environnement de la traite ou encore des vaches. L’objectif de cette étude est de développer un outil de suivi des genres microbiens représentatifs de la microbiodiversité du lait cru. Une méthode culturale évaluée par une approche culturomique est développée dans le cadre de cette étude. Celle-ci se veut complémentaire d’analyses métagénétiques qui ne permettent ni la détection d’espèces présentes à de faibles niveaux mais potentiellement impliqués dans les bénéfices associés, ni la collection des souches. Matériel et méthodes. Sur la base de la bibliographie, dix-neuf conditions de cultures (milieux, températures et atmosphère) ont été pré-évaluées sur 31 souches de collection appartenant à des genres (n= 19) et espèces (n= 28) potentiellement retrouvées dans le lait. En comparaison avec le dénombrement de la flore totale mésophile sur milieu PCA (30°C), la sélectivité et la complémentarité des conditions présélectionnées ont été évaluées par analyse de 6 laits crus collectés en Normandie puis identification des isolats par MALDI-TOF Biotyper. Résultats et discussion. Les essais sur souches de collection ont permis d’écarter certains milieux peu sélectifs (ex : MRS, YELA, Herellea, PCAi-BCP, …). L’analyse des laits a donné lieu à la conservation et l’identification de 227 isolats, appartenant à 60 espèces microbiennes dans les conditions pré-sélectionnées. L’approche de culturomique révèle que 5 conditions permettraient de dénombrer de manière sélective et complémentaire les flores cultivables présentes (CRBM bacitracine 25°C pour le genre Staphylococcus, VRBL 37°C pour les entérobactéries lactose +, CFC 25°C pour le genre Pseudomonas, mMRS-BPB 37°C pour les genres Lactococcus, Leuconostoc, Streptococcus, Enterococcus et Lactobacillus sensu lato, en partie différentiables macroscopiquement, et OGA 25°C pour les levures). Les profils microbiens des 6 laits cru ont ainsi été établis. Conclusion et perspectives. Les conditions sélectionnées, et confirmées sur des laits crus, pourront servir de base pour des études portant sur la qualité et la variabilité des communautés microbiennes complexes du lait cru.
