Le nombre de données suggérant l’implication du microbiote intestinal dans les affections digestives du chien ne cesse de croître. Notamment, une altération de la microflore intestinale, appelée dysbiose, est fréquemment observée dans les cas d’entéropathie inflammatoire chronique. L’étude de ces modifications pathologiques pourrait conduire au développement de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques. Toutefois, en amont de ces recherches, les variations physiologiques du microbiote intestinal chez le chien requièrent une caractérisation exhaustive. La prédisposition de certaines races aux entéropathies inflammatoires chroniques interroge sur de possibles variations physiologiques de la composition du microbiote intestinal, avec un support génétique sous-jacent. Dans cette étude, nous nous sommes donc proposés de comparer la composition du microbiote fécal chez des chiens apparemment sains appartenant à la race Berger Allemand, prédisposée aux entéropathies inflammatoires chroniques, à la race Yorkshire Terrier, prédisposée aux entéropathies avec perte de protéines, et à la race Berger Australien, utilisée comme témoin sans prédisposition à une affection digestive. Notre travail a révélé une différence significative dans la composition du microbiote fécal entre le Yorkshire Terrier et les deux autres races. Ces variations se traduisent à la fois par une réduction de la diversité bactérienne et par des changements profonds dans la répartition des différents phyla bactériens. Des recherches supplémentaires, intégrant l’étude des activités métaboliques des bactéries du microbiote intestinal, sont toutefois nécessaires pour mieux comprendre l’implication de ces altérations dans la pathogénie des entéropathies inflammatoires chroniques.